История террористической организации с именем HYDRA (ГИДРА - не является аббревиатурой) насчитывает множество столетий. Первые упоминания о членах данной криминальной общности относятся ко временам правления третьей династии фараонов Древнего Египта. С этого момента характерные появления ее представителей можно проследить во всех эпохах - от Ренессанса до... До. В какой-то момент они перестали давать о себе знать, залегли на дно [могилы], чтобы расцвести бурным цветом кровавого чертополоха на костях жертв Третьего Рейха. Кто был Гитлер? Всего лишь одна харизматичная пешка ГИДРЫ на пути к достижению мирового господства, которое никогда не было так близко, как сейчас, и никогда не держало в руках то, что способно претворить в жизнь любые мечтания - тессеракт, невероятный артефакт, способный изменить мир лишь по одному желанию его владельца. Основатель этой, новой ветви ГИДРЫ - барон Вольфганг Страйкер, - был преисполнен уверенности, что один из старших офицеров - Шмидт, так же известный как Красный Череп, справится с поставленной задачей, но всего один человек способен изменить ход истории, повернуть вспять все масштабные события последних лет. Таким человеком был Капитан Америка. И все рухнуло, несмотря на наличие мощного артефакта в руках ГИДРЫ. Рухнул Третий Рейх, рухнули планы... Мир надолго забыл о ГИДРЕ после смерти в ходе последних боевых действий против Германии барона Страйкера, но не слишком надолго, чтобы позабыть опасность, исходящую от этих пяти букв.
Жизнь найдет выход, а значит найдет выход и Зло, которому на роду написано существовать столько же, сколько и Добру - до скончания истории. В конце восьмидесятых годов барон Страйкер был воскрешен стараниями ученых A.I.M. и в течение девяностых упорно и самозабвенно воскрешал организацию, восстанавливая агентурную сеть и постигая новейшие технологии. Не забывали "головы" ГИДРЫ отслеживать ситуацию в мире, также претерпевшем кардинальные изменения. Особенно ГИДРУ интересовали супергерои и мутанты, а также... Космический Куб. За столько лет люди Страйкера проникли повсюду, следуя долгоиграющим планам Верховного Главнокомандующего, изучив все системы функционирования до каких смогли добраться. И когда самая последняя система - международная суверенная система организации по борьбе со сверхпреступностью S.H.I.E.L.D. покорилась внедрению, агенты Страйкера обнаружили там кое-что интересное...

Паранойя для организации по борьбе с преступностью мирового (планетарного?) масштаба - дело вполне обыденное. S.H.I.E.L.D. (она же Strategic Homeland Intervention, Enforcement and Logistics Division по одной из версий, она же Щ.И.Т.) порой только паранойя и спасает от неминуемых ошибок. Необнаружимых шпионов не бывает, бывают неумелые обнаружатели - такой вывод может сделать любой логик, но не каждый логик поймет, что просто обнаружить шпиона - это слишком мало и слишком несерьезно. Организацией лично было отмечены все или почти все шпионы (как минимум, из трех различных вредоносных организаций, и это не считая перебежчиков вне системы и двойных агентов под прикрытием, которые имеют обыкновение переставать быть двойными в новую пользу), и были среди них свои "темные лошадки": откуда, для чего, зачем? Даже самые безумные догадки могли подтвердиться, но... ничего не случалось. Кроме неугомонных, разведшихся как кролики, супергероев, а те, как известно, если случатся - долго потом не заметешь за ними все проблемы. Впрочем, Ник Фьюри не зря обменял глаз на бесценный опыт и запустил проект "Мстители". Проект успешный, хотя количество неприятностей это не сократило - лишь локализовало в одном радиусе. И, в общем-то, именно занятость безопасностью страны привела к тому, что первый удар по оной Щ.И.Т. успел перехватить на середине - то есть когда уже было поздно. Единственный плюс - теперь враг мог с достоинством говорить о себе, назвать себя и бросить открытый вызов. Неприятный вызов. Мало кто из агентов не был ознакомлен с тем, что есть ГИДРА. На фоне запущенного через правительство механизма, перемалывающего, как мелкую рыбешку в дробилке, мутантов всех мастей и степени виновности, на фоне неразберихи в верхах, которые теперь не знают, где свои, а где чужие, и кому вообще можно доверять, организация Страйкера начинает масштабную террористическую деятельность по одному только им ведомому больному плану, похожему на шизофреничные шахматы. Похоже, Фьюри придется смириться с потерей команды (немного расширившей основной состав) Мстителей, как подначального звена Щ.И.Т. и научиться работать в сотрудничестве во все нарастающей супергеройско-мутантской бестолковой круговерти против солдат Страйкера.

Но не только ГИДРА пускает свои корни в ЩИТ, пытаясь добиться власти и мирового господства. Есть одиночные игроки с не менее глобальными запросами, считающие, что имеют полное право и возможности воротить всем миром. Локи очень медленно и тонко плетет новые сети интриг, и его выбор останавливается на самом влиятельном, по его мнению, пункте – правительстве. Вот уже несколько месяцев он скрывается под видом секретаря премьер-министра президента США. Медленно, но верно, продвигает свою политику, просто управляя умами людей, подчиняя своей воле чиновников именно так, чтобы никто не мог заподозрить его в этом.
После серьезной стычки с Чарльзом Ксавьером – самым сильным телепатом на земле, который, как оказалось, вместе со своими подручными, все-таки может иметь влияние на божественно сознание, Локи серьезно решает устранить эту проблему самым верным способом – убрать всех мутантов, включая самого Чарльза. Он пускает слух о том, что в правительстве якобы собираются запустить закон о регистрации мутантов и образовании специальных колоний. И кто бы мог подумать, это действует. Эрик, жаждущий всегда свободы и равноправия для мутантов, вступает в стычку с правительством США. И именно этот поступок убеждает чиновников и парламент США в агрессивности и опасности мутантов. Президент собирается решительно поддержать новый закон о регистрации.
Сам ас ни в коем случае не влияет на людей напрямую, лишь вкладывая в подсознание идеи премьер-министру. Человек за три месяца пребывания бога Лжи на земле, становится занятной марионеткой, уверенным в своих навязанных желаниях настолько, что не каждый телепат способен разобраться в том хитром вывороте его подсознания.
При этом богу Лжи удается избегать столкновения с Фьюри в верхах, глава ЩИТ до сих пор не понимает, что на самом деле происходит и кто замешан в этом. В ЩИТ подозревают влияние ГИДРЫ на подобные события, но конкретной причины всего этого не знает никто.
В тоже время Локи все время устраивает аномалии на территории США и Нью-Йорка отвлекая Мстителей от своей основной деятельности легкими стычками. То обрушит невероятную снежную бурю прямо посреди самого жаркого месяца лета, то устроит редкие землетрясения и выбросы энергии, снося верхушки некоторых небоскребов. Лофту почти всегда удается избегать встречи со своим названным братцем, игнорируя все его попытки с ним заговорить или хоть как-то вразумить. Аса беспокоит одна-единственная проблема – Чарльз Ксавье, который пытается достучаться до сознания Лофта, убедить его оставить это все, прекратить разрушать город, убивать людей и вносить смуту. На ётуна это не действует, но нервы портит изрядно.
За всеми этими поступками Локи кроется одна главная причина – он что-то ищет на земле, что-то очень важное для него самого, и вся его деятельность лишь прикрытие, попытка сосуществовать с неспокойным миром Мидгарда.

Но и это еще не все, что задумал сделать Локи с этой грешной землей. ГИДРА кажется асу еще более занимательной частью его плана. Он выходит на связь с самим бароном Страйкером. Лофту нужна поддержка людей ГИДРЫ в правительстве чтобы закон о регистрации и внесении мутантов в группу смертельного риска для граждан США все-таки приняли. Взамен он подает им информацию о местонахождении куба Одина, который ГИДРА еще во время Второй мировой считала своей собственностью. Настоящий же Тессеракт все это время находится у самого Локи.

Слухи отличаются от достоверной информации феноменальной скоростью распространения, превышающей скорость света, а также своей избирательностью – они достигают ушей лишь той аудитории, на которую были рассчитаны. Так что нет ничего удивительного в том, что слух о намечающейся регистрации мутантов, запущенный Локи подобно наживке, в кратчайшие сроки выполнил свое предназначение и привлек внимание лидера организации, именующей себя не иначе как Братства мутантов, – Эрика Леншерра. Последнему, в сущности, только и не хватало что мягкого пинка, повода для перехода к радикальным мерам. Металлокинетик никогда не испытывал иллюзий на счет общества и его отношения к «вершине эволюции», так что якобы намечающаяся регистрация стала последней каплей в чаше его и без того не безграничного терпения. Конечно же, проверить достоверность информации Магнето не удосужился – зачем, когда это отличный предлог, чтобы дать бой правительственным крысам? Так оно и эдак, собрав достаточно сторонников, Эрик объявляет войну и обрушивается на Белый Дом, однако незамедлительно встречает сопротивление со стороны властей (или их роль исполняющих). Мутанты, не готовые сражаться с новым оружием, изобретенным специально против них, попадают в ловушку, многих из них на этом случайном поле боя находит смерть, другим удается бежать, а третьи отправляются в колонии для мутантов, к тому времени уже организованные стараниями Бога Лжи и Гидры…
В школе для одаренных подростков Чарльза Ксавье тоже знают о регистрации, но, в отличие от радикально настроенного Эрика и его сторонников, соблюдают осторожность. Стараниями Профессора Х, конечно же, который, после столкновения с Локи, все больше проникается масштабностью коварных планов последнего. Известно Чарльзу и о том, что Магнето ввязался битву, которая даже ему не по зубам, что, возможно, ему впервые в жизни по-настоящему нужна помощь  подопечных Ксавье (да и его самого). Однако, профессор от чего-то не спешит с этой самой помощью, очевидно не желая окончательно провоцировать верхи и до последнего надеясь, что еще удастся сохранить тот хрупкий мир, в котором жили простые люди с мутантами до этого момента.   
Однако чаяниям Ксавье не суждено сбыться. После того, как восстание Братства подавлено, а правительство в очередной раз  убедилось в опасности мутантов для общества, в оперативном порядке выходит закон, согласно которому все мутанты зачисляются в группу повышенного риска и подлежат немедленному задержанию, то есть объявляются вне закона. Сразу за этим следуют повсеместные аресты и рейды в новые колонии. «Визиту» подвергается и школа икс-мэнов, которым приходится бежать, чтобы спасти свои жизни. Тут даже Профессор ничем не может помочь. Не обходится и без жертв – не всем ученикам школы удается спастись, некоторые погибают.
Особняк разрушен, команда Икс теперь только и есть что… Команда из нескольких мутантов – те, кому удалось уцелеть после «визита» властей в школу, в большинстве своем объединились с остатками братства (которое все еще во главе с Эриком и все еще тешило себя надеждой на отмщение), разочаровавшись в пацифистской политике Чарльза Ксавье. И только сам Профессор Икс и несколько икс-мэнов остались верны своим идеалам – они все еще надеялись (и наедятся) вернуть все на свои места, доказав обществу и правительству, что мутанты могут жить в мире с людьми. Но для этого, разумеется, им придется разобраться с первопричиной всего этого хаоса, чем Чарльз и занимается все свое свободное время.